光电院是兼具总体管理和总体技术职能的总体单位，中科院卫星导航专项总体部、中科院浮空器系统研究发展中心和中科院02专项办公室依托光电院。

　　光电院设置的职能部门有：

　　综合办公室（保密办公室和综合档案室挂靠综合办公室）；

　　科技处（重大专项任务成立的专项管理办公室挂靠科技处）；

　　人力资源处；

　  质量标准处（标准化技术委员会管理办公室挂靠质量标准处）；

　　条件保障处；

　  基建行政处；

　　财务处。

　　专项管理部门有：

　　导航专项总体部办公室。

　　科研部门有：

　　光电系统工程研究部（下设研究室/中心）；

　　气球飞行器研究中心（与高能物理所联合组建）；

　　对地观测技术应用研究部（下设研究室）；

　　导航专项总体技术研究室；

　  空间系统总体技术研究室。